1933 m. sausio 16 dieną Utenos apskrities viršininko raštinėje buvo įregistruotas „Utenio“ klubas. Tuomet klubas užsiėmė įvairia veikla: steigė skaityklą-knygyną, organizavo įvairių rūšių sportą, ruošė koncertus, paskaitas, spektaklius, lošimus domino, šachmatais ir panašius pasilinksminimus.

Tais pačiais metais, rugsėjo 3 d. įvyko ir pirmosios klubo futbolo komandos rungtynės Zarasuose su vietos ekipa. Po atkaklios kovos 1:0 nugalėjo uteniškiai.

Pokariu Utenos futbolo bendruomenė išaugino vieną geriausių visų laikų Lietuvos futbolininkų Stanislovą Ramelį, kuris net 14 sezonų gynė Vilniaus „Žalgirio“ komandos garbę.

„Utenio“ futbolo akademijoje iki šiol dirba treneris Raimundas Bertašius. Jis prie „Utenos Utenio“ pirmą kartą prisijungė būdamas moksleiviu, todėl su šia bendruomene R. Bertašius yra susijęs jau daugiau nei 40 metų.

„Kai pradėjau žaisti „Utenyje“, tai buvo komanda, kuri demonstravo neblogus rezultatus, ypač Lietuvos mastu. Žinoma, sąlygos tuomet sportuoti buvo visai kitokios negu dabar. Tuomet mes treniruodavomės ant arimo, o ne ant aikštės. Toje vietoje, kur dabar yra Utenos hipodromas, būdavo futbolo aikštė ir ten sportuodavome – pavasarį per balas, vasarą – per dulkes. Visur buvo duobės. Dabartinės sąlygos skiriasi kaip diena nuo nakties“, - kalbėjo R. Bertašius.

Nepaisant tokių sąlygų, 1969 m. „Utenis“ laimėjo „Nemuno“ pirmenybių bronzos medalius, o 1978 m. tapo čempionais. Reprezentacinė Utenos miesto komanda nuo 1979 m. iki 1987 m. su poros sezonų pertrauka žaidė LTSR aukščiausioje lygoje.

„Buvo geras treneris, turėjome rėmėjus, kurie norėjo, jog futbolas būtų Utenoje. Realiai principas toks pat, kaip ir dabar. Mūsų gretas papildė keletas žaidėjų iš kitų miestų ir buvo suburta gera komanda“, - prisiminė R. Bertašius.

Su U11/12 amžiaus grupės jaunimu šiuo metu dirbantis R. Bertašius iki šiol prisimena savo debiutą aukščiausioje Lietuvos lygoje.

„Man tuomet buvo 16-17 metų, o stadionas buvo pilnas žmonių. Mane, dar labai jauną, išleido žaisti su patyrusiais vilkais. Tas sezonas man tikrai įsiminė“, - sakė R. Bertašius.

Po nepriklausomybės atkūrimo komanda blaškėsi tarp antrojo (I lyga) ir trečiojo diviziono (II lyga). Per šį laikotarpį komandoje rungtyniavo ir Utenos vardą garsino tokie žaidėjai kaip: Ričardas Zdančius, Vidmantas Vyšniauskas, Egidijus Varnas ir kiti.

Po 2008 m. sezono iki 2014 m. „Utenis“ nežaidė I lygoje. Pora sezonų ekipa praleido III lygoje, vėliau apskritai trumpam išnyko. Impulsą „Utenio“ komandos atsikūrimui suteikė stadiono rekonstrukcija.

Stadiono rekonstrukcijai skirta per 20 milijonų litų. Įrengtas stadionas su 3000 vietų, treniruočių aikštėmis, suteikė galimybę reprezentacinei Utenos miesto komandai pradėti naują istorijos puslapį.

2013 m. pabaigoje atkurtas futbolo klubas „Utenos Utenis“. Patyrusių ir vietinių žaidėjų ekipą subūręs „Utenis“ startavo 2014 m. LFF I lygos pirmenybėse ir iškovojo bronzos medalius. Pradėta kurti profesionalaus futbolo klubo struktūra su komandomis nuo mažiausių vaikų iki vyrų komandos.

„Tikiu „Utenos Utenio“ ateitimi, nes pasitikiu komandos vadovais, valdžia. Kažkada stipri vyrų komanda tikrai bus. Na o darbas su jaunimu mane tikrai tenkina. Turime ir sąlygas, ir inventorių, ir vaikų – telieka dirbti ir norėti. Vien tas, kad su komanda dirba du treneriai, jau yra didelis pliusas“, - pabrėžė R. Bertašius.

R. Bertašius iki šiol nuolat žaidžia futbolą, jis su „Utenio senjorais“ nuolat varžosi dėl aukščiausių vietų Lietuvos veteranų čempionatuose.

2017 m. suburta ir merginų komanda, kuri 2018 m. debiutavo Lietuvos moterų I lygos pirmenybėse, o kitą sezoną jau ketvirtą sykį išmėgins jėgas A lygoje. Trenerio Arūno Rastenio auklėtinės jau gali pasigirti visa eile pasiekimų – U17 komanda yra Lietuvos merginų Elitinės lygos vicečempionė, 2019 metais „Utenos Utenio“ U13 merginų komanda iškovojo Lietuvos čempionato sidabro medalius, o U15 ekipa – bronzos.

2018 m. LFF apdovanojimų šventėje „Utenos Utenis“ buvo pripažintas geriausiu masinio futbolo (bendruomenės) klubu Lietuvoje.

Atsikūręs „Utenis“ pirmą kartą istorijoje sukūrė ir pilną klubo struktūrą, kurios pamatas – „Utenio akademija“. Joje treniruojasi berniukai ir mergaitės nuo 6 iki 16 metų. Prie akademijos vystymo bei tobulėjimo prisidėjo žinomas Danijos specialistas Carstenas Dohmas. Pagal ilgalaikę klubo strategiją, vyresni moksleiviai jau žaidžia suaugusiųjų komandose.

2022 metais, pasibaigus naujam futbolo ugdymo organizacijų sertifikavimui, kurį vykdė Lietuvos futbolo federacija, VŠĮ „Utenos Utenis“ buvo įvertinta trimis iš penkių galimų žvaigždučių.